Buchumschlag

scSNPdemux: a sensitive demultiplexing pipeline using single nucleotide polymorphisms for improved pooled single-cell RNA sequencing analysis

Here we present scSNPdemux, a sample demultiplexing pipeline for single-cell RNA sequencing data using natural genetic variations in humans. The pipeline requires alignment files from Cell Ranger (10× Genomics), a population SNP database and genotyped single nucleotide polymorphisms (SNPs) per sampl...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser: Wong, John K. L. (VerfasserIn) , Jassowicz, Lena (VerfasserIn) , Herold-Mende, Christel (VerfasserIn) , Seiffert, Martina (VerfasserIn) , Mallm, Jan-Philipp (VerfasserIn) , Lichter, Peter (VerfasserIn) , Zapatka, Marc (VerfasserIn)
Dokumenttyp: Article (Journal)
Sprache:Englisch
Veröffentlicht: 31 August 2023
In: BMC bioinformatics
Year: 2023, Jahrgang: 24, Heft: 1
ISSN:1471-2105
DOI:10.1186/s12859-023-05440-8
Online-Zugang:Verlag, kostenfrei, Volltext: https://doi.org/10.1186/s12859-023-05440-8
Volltext
Verfasserangaben:John K.L. Wong, Lena Jassowicz, Christel Herold-Mende, Martina Seiffert, Jan-Philipp Mallm, Peter Lichter, Marc Zapatka
Beschreibung
Zusammenfassung:Here we present scSNPdemux, a sample demultiplexing pipeline for single-cell RNA sequencing data using natural genetic variations in humans. The pipeline requires alignment files from Cell Ranger (10× Genomics), a population SNP database and genotyped single nucleotide polymorphisms (SNPs) per sample. The tool works on sparse genotyping data in VCF format for sample identification.
Beschreibung:Gesehen am 31.10.2023
Beschreibung:Online Resource
ISSN:1471-2105
DOI:10.1186/s12859-023-05440-8

Ähnliche Einträge