GenomeTornadoPlot: a novel R package for CNV visualization and focality analysis

Saved in:
Bibliographic Details
Main Authors: Hong, Chen (Author) , Thiele, Robin (Author) , Feuerbach, Lars (Author)
Format: Article (Journal) Book/Monograph
Language:English
Published: International Society for Computational Biology (ISCB) Universitätsbibliothek Heidelberg 2022
Heidelberg 2022
Online Access:Resolving-System, kostenfrei: https://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:16-heidok-344839
Verlag, kostenfrei, Volltext: http://www.ub.uni-heidelberg.de/archiv/34483
Get full text
Author Notes:Chen Hong, Robin Thiele and Lars Feuerbach

MARC

LEADER 00000nam a2200000 c 4500
001 1882203097
003 DE-627
005 20240229122831.0
007 cr uuu---uuuuu
008 240229s2022 xx |||||o 00| ||eng c
024 7 |a urn:nbn:de:bsz:16-heidok-344839  |2 urn 
035 |a (DE-627)1882203097 
035 |a (DE-599)KXP1882203097 
035 |a (OCoLC)1423770602 
040 |a DE-627  |b ger  |c DE-627  |e rda 
041 |a eng 
082 0 4 |a 004 
082 0 4 |a 570 
084 |a 32  |2 sdnb 
100 1 |a Hong, Chen  |d 1987-  |e VerfasserIn  |0 (DE-588)1257540920  |0 (DE-627)1801818762  |4 aut 
245 1 0 |a GenomeTornadoPlot  |b a novel R package for CNV visualization and focality analysis  |c Chen Hong, Robin Thiele and Lars Feuerbach 
246 1 |i Übersetzung des Haupttitels  |a Zusammenfassung Motivation: Die Analyse von fokalen Kopienzahlvariationen (CNVs) ist für die Krebsforschung von großer Bedeutung, da sie die Treibergene. Insbesondere sind aufgrund des Selektionsdrucks Onkogene und Tumorsuppressorgene häufiger von diesen Ereignissen betroffen als von diesen Ereignissen betroffen als benachbarte Passagiere. In Fällen, in denen mehrere Kandidaten gleichzeitig an einem genomischen Locus befinden, ist ein sorgfältiger Vergleich erforderlich, um entweder multigene, minimal deletierte Regionen mit synergistischen Co Mutationen oder das tatsächliche einzige treibende Gen zu identifizieren. Die Untersuchung von fokalen CNVs in großen Krebsgenomkohorten erfordert eine spezielle Visualisierung und statistische Analyse. Ergebnisse: Wir haben das R-Paket GenomeTornadoPlot entwickelt, das gen-zentrierte Visualisierungen von CNV Typen, Positionen und Längen aus kohortenweisen NGS-Daten erzeugt. Darüber hinaus ermöglicht die Software den paarweisen Vergleich von benachbarten Genen, um Ko-Mutationsmuster oder Treiber-Passagier-Hierarchien zu identifizieren. Die visuelle Untersuchung, die GenomeTornadoPlot unterstützt die visuelle Betrachtung durch eine anpassbare lokale und globale Fokalitätsauswertung. Integriert in das GenomeTornadoPlot R-Package ist die umfassende PCAWG-Datenbank von CNVs integriert, die 2976 Krebsgenom Krebsgenom-Entitäten aus 46 Kohorten des Projekts Pan-cancer Analysis of Whole Genomes. Das GenomeTornadoPlot R-Package kann verwendet werden, um explorative oder hypothesengesteuerte Analysen auf der Grundlage der PCAWG-Daten oder in Kombination mit vom Nutzer bereitgestellten Daten. 
264 1 |a International Society for Computational Biology (ISCB)  |c 2022 
264 1 |a Heidelberg  |b Universitätsbibliothek Heidelberg  |c 2022 
300 |a 1 Online-Ressource (3 Seiten)  |b Illustrationen 
336 |a Text  |b txt  |2 rdacontent 
337 |a Computermedien  |b c  |2 rdamedia 
338 |a Online-Ressource  |b cr  |2 rdacarrier 
500 |a In: Bioinformatics, 38(7), 2022, 2036-2038, 38 (31 January 2022), Nr. 7. pp. 2036-2038 
650 4 |a genometornadoplot 
650 4 |a R Package 
650 4 |a CNV 
650 4 |a CNV visualization 
700 1 |a Thiele, Robin  |e VerfasserIn  |0 (DE-588)1257542346  |0 (DE-627)1801818797  |4 aut 
700 1 |a Feuerbach, Lars  |e VerfasserIn  |0 (DE-588)1182043062  |0 (DE-627)1662532075  |4 aut 
856 4 0 |u https://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:16-heidok-344839  |q application/pdf  |x Resolving-System  |z kostenfrei 
856 4 0 |u http://www.ub.uni-heidelberg.de/archiv/34483  |q application/pdf  |x Verlag  |z kostenfrei  |3 Volltext 
951 |a BO 
992 |a 20240229 
993 |a Article 
998 |g 1182043062  |a Feuerbach, Lars  |m 1182043062:Feuerbach, Lars  |d 140000  |e 140000PF1182043062  |k 0/140000/  |p 3  |y j 
998 |g 1257542346  |a Thiele, Robin  |m 1257542346:Thiele, Robin  |p 2 
998 |g 1257540920  |a Hong, Chen  |m 1257540920:Hong, Chen  |d 140000  |e 140000PH1257540920  |k 0/140000/  |p 1  |x j 
999 |a KXP-PPN1882203097  |e 4494284661 
BIB |a Y 
JSO |a {"language":["eng"],"type":{"media":"Online-Ressource","bibl":"book"},"name":{"displayForm":["Chen Hong, Robin Thiele and Lars Feuerbach"]},"title":[{"title":"GenomeTornadoPlot","subtitle":"a novel R package for CNV visualization and focality analysis","title_sort":"GenomeTornadoPlot"}],"recId":"1882203097","titleAlt":[{"title":"Zusammenfassung Motivation: Die Analyse von fokalen Kopienzahlvariationen (CNVs) ist für die Krebsforschung von großer Bedeutung, da sie die Treibergene. Insbesondere sind aufgrund des Selektionsdrucks Onkogene und Tumorsuppressorgene häufiger von diesen Ereignissen betroffen als von diesen Ereignissen betroffen als benachbarte Passagiere. In Fällen, in denen mehrere Kandidaten gleichzeitig an einem genomischen Locus befinden, ist ein sorgfältiger Vergleich erforderlich, um entweder multigene, minimal deletierte Regionen mit synergistischen Co Mutationen oder das tatsächliche einzige treibende Gen zu identifizieren. Die Untersuchung von fokalen CNVs in großen Krebsgenomkohorten erfordert eine spezielle Visualisierung und statistische Analyse. Ergebnisse: Wir haben das R-Paket GenomeTornadoPlot entwickelt, das gen-zentrierte Visualisierungen von CNV Typen, Positionen und Längen aus kohortenweisen NGS-Daten erzeugt. Darüber hinaus ermöglicht die Software den paarweisen Vergleich von benachbarten Genen, um Ko-Mutationsmuster oder Treiber-Passagier-Hierarchien zu identifizieren. Die visuelle Untersuchung, die GenomeTornadoPlot unterstützt die visuelle Betrachtung durch eine anpassbare lokale und globale Fokalitätsauswertung. Integriert in das GenomeTornadoPlot R-Package ist die umfassende PCAWG-Datenbank von CNVs integriert, die 2976 Krebsgenom Krebsgenom-Entitäten aus 46 Kohorten des Projekts Pan-cancer Analysis of Whole Genomes. Das GenomeTornadoPlot R-Package kann verwendet werden, um explorative oder hypothesengesteuerte Analysen auf der Grundlage der PCAWG-Daten oder in Kombination mit vom Nutzer bereitgestellten Daten."}],"id":{"eki":["1882203097"],"uri":["urn:nbn:de:bsz:16-heidok-344839"]},"origin":[{"dateIssuedKey":"2022","publisher":"Universitätsbibliothek Heidelberg","dateIssuedDisp":"2022","publisherPlace":"International Society for Computational Biology (ISCB) ; Heidelberg"}],"note":["In: Bioinformatics, 38(7), 2022, 2036-2038, 38 (31 January 2022), Nr. 7. pp. 2036-2038"],"person":[{"family":"Hong","roleDisplay":"VerfasserIn","role":"aut","display":"Hong, Chen","given":"Chen"},{"given":"Robin","role":"aut","display":"Thiele, Robin","family":"Thiele","roleDisplay":"VerfasserIn"},{"family":"Feuerbach","roleDisplay":"VerfasserIn","given":"Lars","role":"aut","display":"Feuerbach, Lars"}],"physDesc":[{"extent":"1 Online-Ressource (3 Seiten)","noteIll":"Illustrationen"}]} 
SRT |a HONGCHENTHGENOMETORN2022